Insomniacs After School舞台は能登半島の中心に位置する石川県七尾市。不眠症に悩む高校1年生の中見丸太（なかみがんた）は、学校の使われていない天文台を見つける。しかし、そこには同じクラスの曲伊咲（まがりいさき）という先客がいた。丸太と同じ不眠症で、こっそり昼寝するため物置となっている天文台を使っていた伊咲。不眠症という秘密でつながった2人は、休み時間や放課後になると一緒に天文台で昼寝する同士に。やがて眠ることのできない退屈な夜に街を散歩して仲を深めていく。そんなあるとき、天文台を勝手に使っていたことがばれてしまい、立ち入り禁止の危機に迫られる。