Atom: The Beginning在近未来，日本的遭遇了原因不明大灾害，东京的部分地区更是几乎毁灭殆尽，灾害发生5年后日本逐渐走向复兴，而机器人与人工智能技术也开始走入千家万户。当时在练马大学第7研究室从事开发的工程学研究生天马午太郎和茶水博志——也就是未来的两任科学省大臣——意识到现有机器人技术存在短板，决心创造一种划时代的人工智能系统“Bewu?tsein”（德语“自我”），由该系统驱动的机器人将拥有和人类一样的意识和情感。然而，Bewu?tsein过于先进和复杂，其价值得不到学界的认可，天马和茶水也因此备受排挤，二人甚至不得不打工挣钱，补贴费用。　　在开发了5台测试机后，绰号“小六”的原型机A106被制造了出来。拥有近似人类的外观设计，且拥有1000匹马力，最重要的是小六安装了“Bewu?tsein”原型系统，具有产生自我意识和情感的潜力。在天马和茶水的帮助下，小六开始逐渐地认识...