大明劫明朝崇祯15年，全国内忧外患，大将孙传庭临危受命带着妻子冯氏来到潼关抵抗李自成的军队。与此同时游医吴又可怀着济世救人之心来到潼关拜访师傅——药局提领赵川。大敌当前，孙传庭军中士兵染上怪病，同时还要面对崇祯皇帝的催促出兵和潼关豪绅顾清远等人的自私敛财。赵川因施救不力以身殉职，吴又可在危难之时挺身而出，靠着不同寻常的治疗方法与孙传庭惺惺相惜。最后瘟疫终于被控制住，但是国家的病症能否被战争治好吴又可和孙传庭都无法预料。