女王的教室特别篇2在特别篇中，描述了在2006年4月，阿久津真矢因在任教的小学期间所发生的数件事件的责任问题，而第2次被送往再教育中心，并从她每天到再教育中心的研修时，从她的回想中带出她过去所经历过的事情。除了神田和美（志田未来）与真锅由介（松川尚琉辉）外，没有其他旧有的6年3班学生的演出（从原来11集中转移过来使用的片段除外）。 　　于2006年3月18日播放。讲述真矢在2002年11月至翌年2月，以中泉小学作为舞台，与一位横行霸道的男学生的对决。继续展示了真矢的过去，描述了在主故事中曾出现的“胸口上的大疤痕”背后的秘密，以及后来从2005年4月开始的近一年的时间到了半崎小学任教的原因，并在结尾时与主故事的第1集连接。